本系碩士班成立於民國92年，延續並落實學士班教育目標，培養具專業日文素養及國際觀之多元人才。碩士班學生可依個人興趣及擬定的研究計畫，選擇日本語言學（含日語教育）、日本文學（含人文學領域之文化）作為專業研究領域。透過修業期間第一、二年修習的各種相關課程深入學習，並依其興趣的研究主題，在課餘、研讀相關文獻資料，逐步形成個人專業研究之架構，並於指導教授的指導下，奠定其獨立思考與研究創新之能力，最後完成碩士論文。

　　另外，為鼓勵碩士班學生積極參與國際學術交流，提升研究能量，碩士班學生可籍由本校與日本多所著名大學締結的姊妹校所訂定之交換留學制度，申請短期留學，深化研究內容。本系每年亦邀請多位日本學者前來進行學術演講或密集講學，以豐富相關專業知識的吸取，拓展其學術視野

　　系上教師每年也會帶領碩士班學生赴海外知名大學參加國際學術研討會，發表研究成果，廣納學者意見，並與當地學者與學生進行學術研究交流。透過發表個人研究成果的機會，接受海外學者指導與建議，強化研究之深度與廣度。