※ 本所畢業學分數為三十二學分（不含碩士論文），並自日本文學(含日本文化)及日本語學二學群中擇一為主修，另一為副修，主修至少須修本所課程16學分，副修至少須修本所課程8學分。主修日本文學者，日本文學至少修12學分；主修日本文化者，日本文化至少修 12 學分。
※ 每學期修習之課程，不得超過十學分。
均為選修課程，授課語言以日文為主，中文為輔。
| 研究所課程（113學年度開設課程） | ||
|---|---|---|
| 研究所課程名稱 | 授課教師 | 每學年學分數 |
| 日語教育學研究 | 黃鈺涵 | 4 |
| 日語對比語言學專題研究 | 陳昭心 | 4 |
| 日本近代南洋文學研究 | 洪瑟君 | 4 |
| 日本歷史專題研究 | 龜田俊和 | 4 |
| 日本物語文學研究 | 林欣慧 | 4 |
| 日本近現代文學研究 | 王憶雲 | 4 |
| 近代日本的中國認識與亞洲論 | 何思慎 | 4 |
| 日本古典文學專題研究 | 朱秋而 | 4# |
| 日本語言學專題研究 | 林慧君 | 4# |
| 日本語彙研究 | 林立萍 | 4# |
| 日本古典文學與宗教 | 曹景惠 | 4# |
| 近世日本文化思想研究 | 田世民 | 4# |
| 日本文化史研究 | 徐興慶 | 4# |
| 中日詩歌比較研究 | 朱秋而 | 4* |
| 日語語法學專題研究 | 林慧君 | 4* |
| 日本語彙與表現之研究 | 林立萍 | 4* |
| 日本中世文學研究 | 曹景惠 | 4* |
| 近代日本思想專題研究 | 田世民 | 4* |
| 近代中日文化思想交流史研究 | 徐興慶 | 4* |
| #=奇數年開課，*=偶數年開課 | ||