本系圖書分置於本校總圖書館及本系圖書室。目前圖書館館藏日文圖書部分約有50萬冊；紙本日文期刊共有6千餘種。此外，為充實國內人文及社會科學研究資源設備，加強國內日語研究用電子資源之購置及運用，目前共有32種日文資料庫。

　　值得一提的是自帝大時期遺留下來的藏書。在知名學者安藤正次和精通日本版本目錄學的值松安、瀧田貞治等三位教授的努力蒐集下，為國語學國文學講座和校總圖 購得了日本文學研究不可或缺的書籍，其中不乏日本已失傳之海外孤本，目前一併典藏於校總圖書館五樓，計有桃木文庫562套 4,852冊、長澤文庫505部1,269冊、上田文庫331部332冊、文庫以外線裝書2,272套8,598冊，若再加上七千餘冊的非線裝日文書以及舊土俗人種的珍貴日本古籍就更可觀了，和日本國內東大、京大等舊帝大所藏的古籍相比，一點也不遜色。

　　本系圖書室方面，則置有受贈於日本交流協會、台北市日本工商協會、萬海船運公司、講談社等機構、京都大學名譽教授平野龍夫、名譽教授鄭清茂、東北大學名譽教授仁平道明等學者，以及畢業校友及學界人士的相關領域書籍，提供系所師生方便進行學術研究與教學參考。目前藏書總數約8000冊。

　　在儀器設備方面，購有電腦及相關日文軟體、電視機、錄放影機、衛星轉頻器等，另有圖書電腦室1間，供學生上網查詢資料及舉辦讀書研討會之用。學校教室的使用上，除利用一般E化教室之外，另外還配合課程所需使用專門錄音系統的口譯教室、配備專門視聽教學設備的視聽教室及總圖之多媒體中心，讓教師能夠充分利用便利的設備進行有效率的教學。