本系為培養學生學習及研究日本語文能力，進而造就專業人才，於民國83年奉准成立，為國立大學中首設之日文系。並為延續且落實學士班教育目標，培養具專業日文素養及國際觀之多元人才，於民國92年成立碩士班。

　　本系學士班課程架構採循序漸進的方式，一年級、二年級為基礎語言訓練，日語基礎核心課程採取小班制教學奠定學生聽、說、讀、寫、譯能力。三年級、四年級為專業領域訓練，分為日本語言學（日語教育）、文學（文化）二大領域，除持續提升學生中、高級日文能力以外，並開設日本語言學、日本文學名著選讀、日本古典文學名著選讀等必修課程，培養專業素養，另開設「應用日文」、「商用日文」、「新聞日語」等選修課程，開闊學生的視野，培養進入職場的能力。

　　碩士班學生則可於修業期間之第一、二年藉由修習各種相關課程深入學習，並依有興趣之研究主題於課餘期間蒐集相關文獻資料並研讀，逐步形成個人專業研究之架構，並於指導教授的指導下於三年內，奠定其獨立思考與研究創新之能力，完成碩士論文之撰寫。

　　本系圖書分置於本校總圖書館及本系圖書室。目前圖書館館藏日文圖書部分約有35萬冊，日文期刊約60種，資料庫部分累計至97年11月為止共將近5百種，其中為充實國內人文及社會科學研究資源設備，加強國內日語研究用電子資源之購置及運用，國科會特委託國立臺灣大學圖書館進行國科會人文處日語研究資源建置計畫試用資料庫之建構計畫，目前若含試用版共有24種。

　　值得一提的是自帝大時期遺留下來的藏書。在知名學者安藤正次和精通日本版本目錄學的值松安、瀧田貞治等三位教授的努力蒐集下，為國語學國文學講座和校總圖 購得了日本文學研究不可或缺的書籍，其中不乏日本已失傳之海外孤本，目前一併典藏於校總圖書館五樓，計有桃木文庫562套 4,852冊、長澤文庫505部1,269冊、上田文庫331部332冊、文庫以外線裝書2,272套8,598冊，若再加上七千餘冊的非線裝日文書以及舊土俗人種的珍貴日本古籍就更可觀了，和日本國內東大、京大等舊帝大所藏的古籍相比，一點也不遜色。

　　本系圖書室方面，則置有受贈於日本交流協會、台北市日本工商協會、萬海船運公司、講談社等機構、京都大學名譽教授平野龍夫、名譽教授鄭清茂、東北大學名譽教授仁平道明等學者，以及畢業校友及學界人士的相關領域書籍，提供系所師生方便進行學術研究與教學參考。目前藏書總數約4000冊。

　　在儀器設備方面，購有電腦及相關日文軟體、電視機、錄放影機、衛星轉頻器等，另有圖書電腦室1間，供學生上網查詢資料及舉辦讀書研討會之用。學校教室的使用上，除利用一般E化教室之外，另外還配合課程所需使用專門錄音系統的口譯教室、配備專門視聽教學設備的視聽教室及總圖之多媒體中心，讓教師能夠充分利用便利的設備進行有效率的教學。